マッドブラック皇帝が悪事を働く前から活動しており、マッドブラック皇帝よりタチの悪い新たな敵で、全部で4人いるうえに、個人の懸賞金が全てクリス博士を上回る。連動闇の牢獄は一片の大きさが9000mを遥かに超えており、クリス博士が触れても壊れないうえ、闇の支配者のマークが描いてある。闇の支配者が倒されるとそれに連動している闇の牢獄が消滅する。最終話ではクリス博士に倒されたことによって宇宙各地ではこれ以上連続爆破殺人事件が起きなくなり、恋愛ブームが到来したほか、ドノヴァン財閥の支配から解放され、誘拐された全ての子供たちが保護された。「クリス博士の大冒険3」では闇の支配者には懸賞金ごとに階級別でつけられていることが判明。最も下が闇の無級支配者であるが、最上位に近づくと強大すぎる闇の力で延命し、身体も肥大化して不老不死の存在になり得ることもできる。最下層部(Lowest)、下層部(Lower)、中層部(Middle)、上層部(Higher)、最上層部(Highest)の5段階に分かれている。
闇の無級支配者(Zero Class Dark Ruler)(懸賞金目安:70テラクレジット未満):ジョニー・ナイツ
闇の準10級支配者(Semi-Yocto Class Dark Ruler)(懸賞金目安:70テラクレジット~500テラクレジット):ビクター・マッドブラック
闇の10級支配者(Yocto Class Dark Ruler)(懸賞金目安:500テラクレジット~3ペタクレジット):ドナルド・ハラークス、アドーラ・アンダーソン、トーマス・ドノヴァン、クレイグ・D・シュルツ
闇の準9級支配者(Semi-Zepto Class Dark Ruler)(懸賞金目安:3ペタクレジット~20ペタクレジット):霧崎晃
闇の9級支配者(Zepto Class Dark Ruler)(懸賞金目安:20ペタクレジット~150ペタクレジット):レックス・オコナー
闇の準8級支配者(Semi-Atto Class Dark Ruler)(懸賞金目安:150ペタクレジット~1エクサクレジット):ロジャー・レッドフィールド
闇の8級支配者(Atto Class Dark Ruler)(懸賞金目安:1エクサクレジット~7エクサクレジット)
闇の準7級支配者(Semi-Femto Class Dark Ruler)(懸賞金目安:7エクサクレジット~50エクサクレジット):デューク・ドゥームズデイ
闇の7級支配者(Femto Class Dark Ruler)(懸賞金目安:50エクサクレジット~300エクサクレジット)
闇の準6級支配者(Semi-Pico Class Dark Ruler)(懸賞金目安:300エクサクレジット~2ゼタクレジット)
闇の6級支配者(Pico Class Dark Ruler)(懸賞金目安:2ゼタクレジット~15ゼタクレジット)
闇の準5級支配者(Semi-Nano Class Dark Ruler)(懸賞金目安:15ゼタクレジット~100ゼタクレジット)
闇の5級支配者(Nano Class Dark Ruler)(懸賞金目安:100ゼタクレジット~700ゼタクレジット)
闇の準4級支配者(Semi-Micro Class Dark Ruler)(懸賞金目安:700ゼタクレジット~5ヨタクレジット)
闇の4級支配者(Micro Class Dark Ruler)(懸賞金目安:5ヨタクレジット~30ヨタクレジット)
闇の準3級支配者(Semi-Milli Class Dark Ruler)(懸賞金目安:30ヨタクレジット~200ヨタクレジット)
闇の3級支配者(Milli Class Dark Ruler)(懸賞金目安:200ヨタクレジット~1.5ロナクレジット)
闇の準2級支配者(Semi-Centi Class Dark Ruler)(懸賞金目安:1.5ロナクレジット~10ロナクレジット)
闇の2級支配者(Centi Class Dark Ruler)(懸賞金目安:10ロナクレジット~70ロナクレジット)
闇の準1級支配者(Semi-Deci Class Dark Ruler)(懸賞金目安:70ロナクレジット~500ロナクレジット)
闇の1級支配者(Deci Class Dark Ruler)(懸賞金目安:500ロナクレジット~3クエタクレジット)
闇の準初段支配者(Semi-First Class Dark Ruler)(懸賞金目安:3クエタクレジット~20クエタクレジット)
闇の初段支配者(First Class Dark Ruler)(懸賞金目安:20クエタクレジット~150クエタクレジット)
闇の準2段支配者(Semi-Deca Class Dark Ruler)(懸賞金目安:150クエタクレジット~1,000クエタクレジット)
闇の2段支配者(Deca Class Dark Ruler)(懸賞金目安:1,000クエタクレジット~7,000クエタクレジット)
闇の準3段支配者(Semi-Hecto Class Dark Ruler)(懸賞金目安:7,000クエタクレジット~50,000クエタクレジット)
闇の3段支配者(Hecto Class Dark Ruler)(懸賞金目安:50,000クエタクレジット~300,000クエタクレジット)
闇の準4段支配者(Semi-Kilo Class Dark Ruler)(懸賞金目安:300,000クエタクレジット~2,000,000クエタクレジット)
闇の4段支配者(Kilo Class Dark Ruler)(懸賞金目安:2,000,000クエタクレジット~15,000,000クエタクレジット)
闇の準5段支配者(Semi-Mega Class Dark Ruler)(懸賞金目安:15,000,000クエタクレジット~100,000,000クエタクレジット)
闇の5段支配者(Mega Class Dark Ruler)(懸賞金目安:100,000,000クエタクレジット~700,000,000クエタクレジット)
闇の準6支配者(Semi-Giga Class Dark Ruler)(懸賞金目安:700,000,000クエタクレジット~5,000,000,000クエタクレジット)
闇の6段支配者(Giga Class Dark Ruler)(懸賞金目安:5,000,000,000クエタクレジット~30,000,000,000クエタクレジット)
闇の準7段支配者(Semi-Tera Class Dark Ruler)(懸賞金目安:30,000,000,000クエタクレジット~200,000,000,000クエタクレジット)
闇の7段支配者(Tera Class Dark Ruler)(懸賞金目安:200,000,000,000クエタクレジット~1,500,000,000,000クエタクレジット)
闇の準8段支配者(Semi-Peta Class Dark Ruler)(懸賞金目安:1,500,000,000,000クエタクレジット~10,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の8段支配者(Peta Class Dark Ruler)(懸賞金目安:10,000,000,000,000クエタクレジット~70,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の準9段支配者(Semi-Exa Class Dark Ruler)(懸賞金目安:70,000,000,000,000クエタクレジット~500,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の9段支配者(Exa Class Dark Ruler)(懸賞金目安:500,000,000,000,000クエタクレジット~3,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の準10段支配者(Semi-Zetta Class Dark Ruler)(懸賞金目安:3,000,000,000,000,000クエタクレジット~20,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の10段支配者(Zetta Class Dark Ruler)(懸賞金目安:20,000,000,000,000,000クエタクレジット~150,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の準特段支配者(Semi-Yotta Class Dark Ruler)(懸賞金目安:150,000,000,000,000,000クエタクレジット~1,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の特段支配者(Yotta Class Dark Ruler)(懸賞金目安:1,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~7,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の無級完全支配者(Zero Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:7,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~50,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の準10級完全支配者(Semi-Yocto Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:50,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~300,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の10級完全支配者(Yocto Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:300,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~2,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の準9級完全支配者(Semi-Zepto Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:2,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~15,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の9級完全支配者(Semi-Zepto Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:15,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~100,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の準8級完全支配者(Semi-Atto Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:100,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~700,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の8級完全支配者(Atto Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:700,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~5,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の準7級完全支配者(Semi-Femto Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:5,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~30,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の7級完全支配者(Femto Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:30,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~200,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の準6級完全支配者(Semi-Pico Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:200,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~1,500,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の6級完全支配者(Pico Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:1,500,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~10,000,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の準5級完全支配者(Semi-Nano Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:10,000,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~70,000,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の5級完全支配者(Nano Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:70,000,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~500,000,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の準4級完全支配者(Semi-Micro Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:500,000,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~3,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の4級完全支配者(Micro Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:3,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~20,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の準3級完全支配者(Semi-Milli Perfect Dark Ruler)(懸賞金目安:20,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット~150,000,000,000,000,000,000,000,000,000,000クエタクレジット)
闇の無級超完全支配者(Zero Perfecter Dark Ruler)(懸賞金目安:500恒河沙~3000恒河沙クエタクレジット)
闇の特段超完全支配者(Yotta Perfecter Dark Ruler)(懸賞金目安:50垓無量大数~300垓無量大数クエタクレジット)
闇の特段超絶完全支配者(Yotta Perfectest Dark Ruler)(懸賞金目安:30兆矜羯羅~200兆矜羯羅クエタクレジット)
闇の特段極超絶完全支配者(Yotta Super Perfectest Dark Ruler)(懸賞金目安:20極矜羯羅~150極矜羯羅クエタクレジット)
闇の特段極超絶完全支配王者(Yotta Hyper Perfectest Dark Ruler)(懸賞金目安:15京無量大数矜羯羅~100京無量大数矜羯羅クエタクレジット)
闇の特段極超絶完全支配大王者(Yotta Ultra Perfectest Dark Ruler)(懸賞金目安:10億阿伽羅~70億阿伽羅クエタクレジット)
闇の特段極超絶激完全支配大王者(Yotta Super Ultra Perfectest Dark Ruler)(懸賞金目安:7載阿伽羅~50載阿伽羅クエタクレジット)
闇の特段極超絶激完全支配大覇王者(Yotta Hyper Ultra Perfectest Dark Ruler)(懸賞金目安:5兆無量大数阿伽羅~30兆無量大数阿伽羅クエタクレジット)
闇の特段極超絶激完全支配大覇帝王者(Yotta Super Hyper Ultra Perfectest Dark Ruler)(懸賞金目安:3万矜羯羅阿伽羅~20万矜羯羅阿伽羅クエタクレジット)
闇の特段極超絶激完全支配巨大覇帝王者(Yotta Super Hyper Ultra Perfectest Darker Ruler)(懸賞金目安:2正矜羯羅阿伽羅~15正矜羯羅阿伽羅クエタクレジット)
闇の9級支配者 ドナルド・ハラークス(Zepto Class Dark Ruler: Donald Halarks)
年齢:満15,847歳没(人間年齢44歳0ヶ月) 性別:男性 身長:876.5cm 体重:15,700kg 一人称:ワシ
出身地:惑星イーストベリー
闇の道具:ダークマグナムガン
連動された闇の牢獄に監禁されたシャイニープリンセス達:無し/無し
懸賞金:125テラクレジット
因縁の相手:アンドリュー・ベッカム(妻を殺害されたうえに、罪を擦り付けられた)
闇堕ちの要因:もっと人を殺したいという欲望
声のイメージ:関智一 / Seth MacFarlene
イメージ俳優:香取慎吾
イメージレーベル:cutting edge
初登場:第34話
クリス博士が最初に対決する闇の支配者の1人で、バルタザール帝国専属の殺し屋。4人の中で最年長にして懸賞金が最も低い。生まれながらの殺し屋であり、暗黒帝王獣を用いて宇宙規模の殺人事件を引き起こしているほか、11年前の惑星エバニメトピアで起きた連続爆破殺人事件の主犯者で、警察に捕まることを良しとせず、ベッカム家の屋敷に火を放ち、アンドリューの妻を殺害した後、自分の罪を全てアンドリューに擦り付けた。この事件からアンドリューはドナルド・ハラークスに対して深い因縁を持つようになった。初登場の第34話では惑星カガクラに潜伏していることが判明し、ストロングスダークでドナルデラックスに変身して、その強大な闇の力で現場に来た宇宙警察を一掃した。続く第35話ではそのまま駆けつけてきたクリス博士とアンドリューとの交戦に入り、伝説の勇者の真の力を得たクリス博士に押され、防戦一方になったところを、ストロングスダークにダークマグナムガンを翳して闇の力を活性化させて、ダーク・ドナルデラックスに変身するも、浄化エネルギーを纏ったクリス博士の猛攻により闇の力を弱められ、アンドリューの妻を殺され罪を擦り付けられた怒りのこもった出力300%のD5レイ・マックスパワーを食らって大ダメージを受けた後、クリス博士の「クリストロング・パーフェクトラストアタック」でトドメを刺され爆発四散、絶命した。かくして強大な闇の力を得て、人々を獲物とみなし、宇宙に住む人々を殺害、星々を破壊していった冷酷な闇の殺し屋はエバニメトピアで一番のワルに殺害されるという末路を辿った。
闇の9級支配者 トーマス・ドノヴァン(Zepto Class Dark Ruler: Thomas Donovan)
年齢:満7,747歳没(人間年齢21歳6ヶ月) 性別:男性 身長:893cm 体重:8,930kg 一人称:俺
出身地:惑星サウスヘイム
闇の道具:闇輪刀
連動された闇の牢獄に監禁されたシャイニープリンセス達:10400m/13,303,680,000人
懸賞金:194テラクレジット
因縁の相手:春風裕五郎(将軍の座を奪われた)
闇堕ちの要因:剣士になってから長い間試合に勝てなかった悔しさ
声のイメージ:葉山翔太 / Connor Swindells
イメージ俳優:駒木根葵汰
イメージレーベル:SONIC GROOVE
初登場:第41話
クリス博士が3人目の対決する闇の支配者の1人で、バルタザール帝国専属の剣士。惑星サウスヘイムの闘技場で剣士として戦い、全勝無敗という強さを持つ。15年前に闇の支配者となってドノヴァン財閥を設立。その後惑星ハルカゼノミヤコを襲撃し、春風家の兄弟である裕四郎と裕五郎から将軍の座を奪い、15年間に渡ってハルカゼノミヤコを支配し続けていた。剣士としての実力も非常に強く、裕五郎と裕四郎が2人がかりでも太刀打ちでもないほどで、自分の身長と同じくらいの長さを持つ愛刀「闇輪刀」は強大な闇の力を秘めており軽く振るっただけで地球より一回り大きい惑星が真っ二つに斬られてしまう威力を発揮する。初登場時の第41話ではギガントポリスバトラーを背後から一刀両断し、32768人が出場する史上最強最悪にして全宇宙滅亡からの生き残りをかけた剣術大会「The King Of Sword Fighters Tournament」の開催を宣言した。続く第42話でクリス博士とメアリー博士に財閥本部への侵入を許してしまい、人質を全て救出され財産も奪われた挙句、クリス博士が纏った破壊エネルギーで闇輪刀を折られてしまう。そのまま「The King Of Sword Fighters Tournament」決勝まで勝ち残った裕五郎と裕四郎と対決するが、闇輪刀を折られたこともあって、15年前とは違って敗北を喫し、会場から追い出されてしまった。この結果を認められないまま、全参加者と全ての人々を全ての宇宙諸共滅ぼすと宣言し、ストロングスダークを使って怒野盤将軍に変身。伝説の勇者の完全なる力を得たクリス博士の前に圧倒され、最後の手段として折れた闇輪刀を使い、怒野盤大将軍に変身。加勢に入り、特大桜川一文字と特大桜山一文字を手にし、特大将軍フォームとなった裕五郎にX印で斬られ、ドノヴァンタワーまで吹っ飛ばされて致命的なダメージを受けた後、クリス博士の「クリストロング・パーフェクトラストアタック」でトドメを刺されドノヴァンタワー諸共爆発四散、絶命した。かくして、多くの惑星を制圧してきたドノヴァン財閥頭首は自分にとって危険な存在であるエバニメトピアで一番のワルに殺害され、その妻に全財産を奪われるほか、人質をチャーリーに奪還されたあげく、設立から15年で壊滅されるという末路となった。
闇の9級支配者 クレイグ・D・シュルツ(Zepto Class Dark Ruler: Craig D. Schultz)
年齢:満9,096歳没(人間年齢25歳3ヶ月) 性別:男性 身長:909cm 体重:9,090kg 一人称:私
出身地:惑星ノースブルーロード
闇の道具:ダークリモワール
連動された闇の牢獄に監禁されたシャイニープリンセス達:15000m/95,948,820,000人
懸賞金:242テラクレジット
因縁の相手:クリス博士の娘たち(自分にとって大切な友達を誘拐、利用された)
闇堕ちの要因:唯一の心の支えである自分を愛してくれた妻を病から救えなかった
声のイメージ:花江夏樹 / Freddie Highmore
イメージ俳優:内藤秀一郎
イメージレーベル:avex trax
初登場:第45話
クリス博士が4人目にして最後に戦う闇の支配者で、アルメンダリス王朝専属の教育係。4人の闇の支配者の中で最も身長が高く、最も懸賞金が高いうえに、その戦闘力はこれまでの3人の闇の支配者やそれを倒したクリス博士を凌駕するほか、これまで倒した闇の支配者のストロングスダークを自らの力で修復、回収するというまさしく最後にして最強の闇の支配者と呼ばれる本作のラスボス。同士であるドナルド・ハラークス、アドーラ・アンダーソン、トーマス・ドノヴァンを愚かだと見下ろしており、宇宙を滅ぼすのはクレイグ1人で十分だという。18年前から闇の支配者として活動を開始し、全宇宙の警察を相手に全て勝利し、1000を超える刑務所を破壊、脱獄させ味方につけた囚人の数は数百万人を超えるほか、教師として洗脳させた子供の数は億単位に到達、滅ぼした惑星の数は3万以上というまさに全勝無敗にして最強の闇の支配者に相応しい実力を持つ。初登場時の第45話では現場に現れた宇宙警察のギガントポリスバトラーをダークグリモワールの力で自爆させて見せた。第46話で接近してきたアンドリューとチャーリーを真っ白にして動けなくさせたものの、クリス博士の娘たちは大切な友達を思う心が強かったため何度やってもダークグリモワールの力が通用せず、心をへし折ろうと洗脳した子供たちを娘たちの前へ召喚させるが、娘たちの説得によってエネルギーが増幅された友情エナジーバズーカを放ったことで洗脳した子供たちを使った妨害を突破されてしまい、裕五郎に大量のロマングタバスコを口に押し付けられて火炎放射しながら発狂。その間にダークグリモワールを奪われて使用不可能になってしまった。しかし事前に惑星マグマジアで手に入れた闇の皇帝の杖を媒介に自らの力で修復、回収したストロングスダーク3つと自分のストロングスダークを融合させて生成したアトロシアストロングスダークを使ってロード・クレイギオス・アトロシアスに変身し、その力の差でクリス博士を圧倒し、変身解除させた。そのままトドメを刺そうとするが、メアリー博士の解析でクリストリウムクリスタル・インフレーティアの真の力である体全身を巨大化させるという方法を見つけたことを思いだしたクリス博士が奮起し、自らを巨大化させたクリス博士がキロクリストロンガイに変身したことで形勢逆転。全ての性能が1000倍になったクリス博士には敵わず、クリス博士が全てのエネルギーを使って放ったキロクリストロング・ミラクルエスペシャリーでトドメを刺され爆発四散、絶命した。彼の死を持って闇の支配者は全滅し、ダークグリモワールの効力も全て失われた。