「クリス博士の大冒険4」では「クリス博士の大冒険3」と同じく闇の支配者軍団との総力戦となっている。
今作では前作までとは違ってクリス博士はボスと戦ってはいけない。手下は必ず娘たちかお姫様達が倒さなければならない。
手下を全て倒すとボスとの戦いに挑むことが出来る。
ボスとの戦いは前作までと同じ戦闘ルールの一騎打ちとなっているが、今作ではクリス博士は戦わず、クリス博士以外の仲間が出撃しなければならない。さらにそれぞれの仲間は一度だけしか出撃できない。仲間の体力ゲージがゼロになり、死亡あるいはノックダウン時に10カウントまでに立ち上がれなかったらTeam NPLの敗北となる。体力ゲージがゼロになっても死亡しなかった場合はノックダウンとなる。ボスのノックダウン中にトドメを刺すことが可能になる。
今作もボスを倒せばTeam NPLの勝利となり、戦いの舞台となった支配区域に平和が戻る。
ナストロデウス編のみ、ラスボス・ナストロデウスとの一騎打ちでは必ずクリス博士が出撃しなければならない。
ボス戦ごとの出撃者とセコンドは以下の通りである。
ダーカーマター十本槍一の槍コーデリア・クリスタル
出撃者:ジャニス・マッドブラック
セコンド:マイナ・アンダーウォーター
ダーカーマター十本槍二の槍ヒューゴー・ヒューズ
出撃者:アイリス・ウォルステンホルム・ヤングハズバンド
セコンド:エイデン・スターリング
ダーカーマター十本槍三の槍アレクシス・オールポート
出撃者:アドーラ・アンダーソン
セコンド:チャーリー・ザ・キッド
ダーカーマター十本槍四の槍マシュー・マグナルティ
出撃者:マイナ・アンダーウォーター
セコンド:アイリス・ウォルステンホルム・ヤングハズバンド
ダーカーマター十本槍七の槍オクタビオ・オーバーキル
出撃者:チャーリー・ザ・キッド
セコンド:メアリー・ヤングハズバンド
ダーカーマター十本槍八の槍ニコラウス・ノイエンドルフ
出撃者:ファビオ・ミクソン=ドレスラー
セコンド:アドーラ・アンダーソン
ダーカーマター十本槍九の槍ソロモン・シューベルト
出撃者:アンドリュー・ベッカム
セコンド:春風裕五郎
ダーカーマター十本槍十の槍ヘルムート・ハードスタッフ
出撃者:ヤン・ズーシェン
セコンド:カイ・ハルバード